Ý kiến đại biểu nêu rõ 3 vấn đề: Thứ nhất là tại phiên tòa xét xử sơ thẩm và phúc thẩm vụ án đều khẳng định không có cơ sở kết luận doanh nghiệp làm giả hồ sơ để buôn lậu gỗ và vấn đề đặt ra doanh nghiệp buôn lậu với động cơ gì trong khi Nhà nước có quy định doanh nghiệp sẽ được hoàn thuế khi tạm nhập tái xuất lô gỗ trên, rõ ràng là doanh nghiệp không có động cơ làm giả hồ sơ để trốn thuế. Mặt khác, cả hai tòa án xét xử sơ thẩm và phúc thẩm đều kết luận là không có cơ sở cho rằng doanh nghiệp làm giả hồ sơ nên không có giá trị pháp lý để làm căn cứ xét xử.

Thứ hai, vật chứng vụ án là cơ sở hết sức quan trọng để đánh giá vụ án. Tuy nhiên, trong khi vụ việc đang trong quá trình điều tra thì các cơ quan tố tụng đã cho bán vật chứng vụ án, hành vi trên là vi phạm pháp luật. Bởi đây là vấn đề mấu chốt của vụ án vì doanh nghiệp có khai báo thừa hay thiếu về khối lượng, chủng loại gỗ thì không còn vật chứng vụ án để làm căn cứ so sánh, không còn căn cứ để chứng minh hành vi vi phạm pháp luật của các bị can.

Thứ ba, Giám định tư pháp là khâu quan trọng để các cơ quan tố tụng lấy làm căn cứ để xét xử vụ án nhưng việc giám định tư pháp của vụ án này đã có một số vấn đề sau: cơ quan có chức năng giám định tư pháp nhưng không có chuyên môn để giám định; cơ quan có chuyên môn giám định lại không có tư cách pháp lý để thực hiện việc giám định tư pháp. Theo đó, hai cơ quan này đã đưa ra hai ý kiến giám định hoàn toàn khác nhau, về mặt hình thức và nội dung đều sai.

Đại biểu cho rằng, vụ án này còn có nhiều khuất tất và có sự vi phạm pháp luật của các cơ quan tiến hành tố tụng, đề nghị Quốc hội cần thành lập Ủy ban giám sát để phân định, đánh giá lại vụ án này để khẳng định, chứng minh việc phản ánh của đại biểu Quốc hội, kiến nghị cử tri và Nhân dân, công luận cũng như công tác khởi tố, điều tra, xét xử của các cơ quan tiến hành tố tụng.

Cũng tại phiên thảo luận, đại biểu Đoàn ĐBQH tỉnh Quảng Nam Tạ Văn Hạ đã có ý kiến về những hạn chế trong hoạt động tư pháp liên quan trực tiếp đến hoạt động cũng như uy tín, danh dự, quyền lợi của các tổ chức, cá nhân trong việc chậm điều tra, xét xử.

Trong đó, nêu trường hợp cụ thể đối với vụ án Công ty TNHH MTV Ngọc Hưng có trụ sở tại Quảng Trị, vụ án đã được ĐBQH Hoàng Đức Thắng nêu ra rất nhiều năm. Đồng thời đề nghị Viện trưởng Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Chánh án Tòa án nhân dân tối cao, Bộ trưởng Bộ Công an báo cáo và thông tin thêm về nội dung liên quan đến vụ án.